抗戰(zhàn)開始了，程千帆經人推薦，當上了四川省重慶西康建設廳的一個科員，其具體工作也就是給廳長私人寫信。廳長是陳立夫的同學，名叫葉秀峰。由于陳立夫與四川的劉文輝發(fā)生了矛盾，葉秀峰只當了一年多的廳長就垮臺了，廳長以下的人也跟著沒事做了。這段時間里，程千帆為鞏固自己的學習，連續(xù)寫了《雜家名實辨證》、《杜詩偽書考》等論文，并輯為《目錄學叢考》，于1939年由中華書局出版。面對自己的第一本論文集，程千帆的成就感油然而生，一氣呵成寫了一首五言詩：

　　恒情惡貧賤，得飽更求余。

　　吾亦常貧苦，而不樂簪裾。

　　撐腸借舊業(yè)，發(fā)篋著我書。

　　注杜稱千家，幽閉*煩爬梳。

　　孳孳事目錄，頊頊及蟲魚。

　　埋夢盈荒齋，聊可鬼載車。

　　虛窗對平野，此意同春鋤。

　　1940年2月，程千帆到樂山中央技藝專科學校教語文。五個班的語文一個人教，也實在是夠忙的了。當時武漢大學也搬到了樂山。武漢大學的劉永濟先生是程頌萬先生至交，也深知程千帆的學識。恰好武大正是要人之時，在劉先生極力推薦下，程千帆便在1941年8月進入了武漢大學，教授三個大一班和一個特別班的國文課。其授課內容就是程千帆自己一邊教一邊編的《文學發(fā)凡》，分上中下三篇，上篇是總論，中篇是駢文，下篇是散文。后來，程千帆進行補充修改，由黑龍江人民出版社出版，書名為《文論十箋》。這本書一直作大學教材，連日本奈良女子大學的橫山教授都千方百計來中國找，說這本書太好了。在教學之余，程千帆潛心研究目錄學和《文史通義》，還寫出了很有分量的學術論文《言公通義》，在武漢大學當時的學報《文哲季刊》上發(fā)表。

　　1942年8月，已經都是副教授職稱的程千帆、沈祖芬夫婦，一起到成都的金陵大學任教。此后還兼職在四川大學任教一年時間。1945年抗戰(zhàn)勝利，武漢大學遷回武昌，程千帆應劉永濟先生之邀，仍回武漢大學工作，于1947年升為正教授，1948年出任武漢大學中文系主任。

　　1949年全國解放后，程千帆教授仍在武漢大學任中文系主任。1953年程千帆教授參加慰問團赴朝慰問中國人民志愿軍，在炮火中，他寫了很多詩歌和文章，為鼓舞志愿軍戰(zhàn)士的士氣起了很好的作用。當時朝鮮的古版書多，又很便宜。但程千帆教授遵守紀律，只跟一些朝鮮老先生筆談一陣便離開了。從朝鮮回來后，程千帆教授深感國家必須圖強，也深感自己責任重大，因此更加日以繼夜地工作和寫作。這年年底，他的《文學批評的任務》一書由中南人民文藝出版社出版。以后，他個人或與人合作，每年都有著作問世。